مقایسه دو روش PCR مستقیم و PCR با استفاده از روش استخراج DNA در تعیین تیپ‌های مختلف کلستریدیوم پرفرینجنس

     واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) یک روش مناسب برای شناسایی عوامل بیماری‌زا محسوب می‌شود و جداسازی DNA اولین گام در این مسیر است.  استخراج DNA یک مرحله وقت‌گیر در تحقیقات ژنتیک مولکولی به شمار می‌آید که در بعضی موارد از کل مراحل انجام PCR طولانی‌تر است.  هدف از انجام این تحقیق، استفاده از PCR مستقیم (بدون استخراج DNA) جهت تعیین تیپ‌های مختلف باکتری کلستریدیوم پرفرینجنس می‌باشد.  در این تحقیق PCR مستقیم و همچنین PCR با DNA استخراج شده بر روی چهار تیپ A، B، C و D باکتری کلستریدیوم پرفرینجنس انجام شد، که برای این هدف از چهار جفت پرایمر اختصاصی که مکمل بخش‌هایی از ژن‌های کد‌ کننده توکسین‌های آلفا، بتا، اپسیلون و یوتای این باکتری بودند استفاده گردید.  در هر دو روش PCR مستقیم و PCR با DNA استخراج شده، قطعات 196، 324 و 655 جفت بازی سنتز گردید که به ترتیب مربوط به توکسین آلفا، بتا و اپسیلون می‌باشند.  در نهایت براساس طول قطعات سنتز شده در PCR، تیپ‌های مختلف این باکتری تشخیص داده شدند.  نتایج این تحقیق نشان می‌دهد که انجام PCR به طور مستقیم از کلونی بسیار ساده است و کیفیت باند ایجاد شده در PCR مستقیم و PCR با DNA استخراج شده با هم تفاوتی ندارند.  بنابراین با توجه به اینکه استفاده از PCR مستقیم زمان، مراحل و هزینه PCR را کاهش می‌دهد و امکان آزمون تعداد زیادی نمونه را در زمان کوتاهتری فراهم می‌آورد، استفاده از این روش توصیه می‌گردد.